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植物資源天人菊
澎湖由於在地形上和氣候上有著特殊的環境，其表土層淺薄，保水力較差，為乾旱型的生育環境，除了少雨的旱害之外，強風的風害、颱風時的鹽害等，皆使得植物順應環境而形成葉子加厚、覆厚層毛、儲水組織發達、易長不定根等特性，主要植物種類可達百餘種。
最常見的大樹是榕樹，通樑古榕即是一例，其甚為壯觀，因榕樹也就成為澎湖的縣樹；而遍佈全縣的歸化優勢植物－天人菊就成了縣花。除此之外，由於島嶼常有特殊的生態環境，因此有一些在澎湖的原生植物，如澎湖決明、澎湖大豆、澎湖爵床及澎湖金午時花等，這些以澎湖命名的植物在他處是十分罕見的，可以算是澎湖的代表植物；亦有一些台灣較稀有的植物而在澎湖仍可發現者，如白花馬鞍藤、苦檻藍、姬草海桐等，而風茹草在澎湖製成風茹草茶，生津解渴，是一特產。本地作物生產早期均以咾咕石可砌成防風牆，蜂巢田式經營，形成本地村落產業之特色，牆內種植蔬菜、瓜果，一般耕地則以種植高梁、花生、甘藷等食糧為主，各重要經濟作物香味獨具，諸如稜角絲瓜、嘉寶瓜、蕃茄、紅菱瓜、哈密瓜與香瓜梨等，尤其是蘆薈、仙人掌、香茹草、花生，均已聞名遐邇。
政府為防風、綠美化，木麻黃、南洋杉、刺桐、檉柳成為主要的造林樹種，合適的防風樹種或造林技術的不斷精進，為澎湖的綠化尋出契機。另外澎湖有紅樹林，是以海茄冬為主，為澎湖的海岸增添了生氣。
海藻資源
澎湖的海藻資源相當豐富，是全台之冠，就藍綠藻、綠藻、褐藻、紅藻四大類中，澎湖海域所產的約計有40餘種，其中具有經濟價值的主要有紫菜、海菜、石花菜、頭髮菜等，生產季節為冬季12～3月。目前有天然產及養殖生產兩種，天然生產主要分佈在姑婆嶼、白沙嶼等北海各離島的北側潮間帶迎風面；養殖生產則主要分佈在講美、青螺、下社、北寮等處海域。
珊瑚資源
以生物地理的觀點來看，澎湖群島四周海域的珊瑚礁生態系統，屬於印度－太平洋系統。以澎湖而言，黑潮支流進入台灣海峽，對具有浮游幼蟲時期的珊瑚來說，顯然為影響珊瑚在澎湖海域分佈最主要的原因之一。澎湖海域的珊瑚類，包括石珊瑚、軟珊瑚、角珊瑚（柳珊瑚）和水螅珊瑚等。石珊瑚所形成的珊瑚礁多見於沿岸潮間帶前端附近，有些地方自海岸向外延伸至十餘公里外，尚仍為珊瑚礁，龍門港外海可以見到帶狀分佈，其餘在員貝嶼東方、鳥嶼南方海域及七美附近海底等皆可發現。軟珊瑚乃是一般不會分泌石灰質骨骼的珊瑚，由於其多分佈在海深較深、海流強勁且水質清澈的地區，因此澎湖軟珊瑚分佈不如石珊瑚分佈來得廣。而值得一提的是，在山水附近海域有一處海扇軟角珊瑚及海雞頭軟珊瑚所組成的珊瑚林，是一極特殊的海底生態群聚。
魚類資源
豐富多樣的海底世界本地區海域內的魚種，據調查估算至少有145科700種之多，在這些魚類裡，硬骨魚類中的鱸形目佔了大多數，而這些也正是生活在礁岩海域中常見的魚種。澎湖漁業資源中，除了擁有豐富且多樣性的成魚外，稚魚資源的蘊藏，更是此海域漁業能夠生生不息的原因之一，一般稚魚種類，以加臘魚、龍占、日本金梭魚以及臭都魚等為數較多，每到5、6月間常可見成群大批的稚魚在水中呼嘯而過，蔚為奇觀。在沿海底棲魚類方面，以石斑魚等最常見，主要棲息在淺海的礁岩區，其他如俗稱「老鼠斑」的敏魚或是俗稱「紅條」的豹鱠等，都是此海域內的生存魚種。在沿岸礁岩海域內有許多體型較小但是顏色鮮麗的魚類，屬於隆頭魚科、蝶魚科以及雀鯛科的魚種是其中最主要的組成份子。其他的漁業資源如貝類、甲殼類、棘皮動物等，皆有可觀的蘊藏量
綠蠵龜及海豚綠蠵龜
近年來備受重視的綠蠵龜，因其數量大量減少，而澎湖是全台灣中其較固定會上岸產卵的地區，因此綠蠵龜就成了澎湖的代名詞之一。另外，澎湖的海豚因其稀有珍貴亦成為澎湖的另一代名詞，海豚是屬於小型齒鯨類，有高達兩百六十顆的齒，澎湖人俗稱海豬、海鼠或黑俄，其智商可與靈長類相比，海豚是以聲音來彼此交換訊息及從事聯絡。每年冬末春節至三月底這一期間，海豚會成群迴游澎湖外海，主要的種類包括長吻海豚、吉氏海豚及南方海豚等，偶而也出現體型較小的偽虎鯨等。。
鳥類資源
澎湖鳥類資源之豐富，有人稱澎湖群島為鳥類的天堂。由於澎湖地處東亞候鳥遷移路線的中繼站，因此擁有形形色色的鳥類。根據到民國109年的調查，澎湖鳥種高達413種之多。若以遷留澎湖群島的情形加以區分，又可歸納出留鳥約占5%，由此可見澎湖鳥類的組成中，遷移性的候鳥為主要種類。澎湖鳥類的移棲活動，以春、秋過境最為頻繁，即4-5月和9-10月；至6月份後，則漸次減少，至7、8月間是鳥種最少的季節，然此時卻是貓嶼、雞善嶼、錠鉤嶼及小白沙嶼等無人島上繁殖的鷗科鳥類最多的時候。一般來說，澎湖不同科別的鳥類，常會有不同的棲息地點，如潮間帶的鷸、鴴科；水庫地區的鷺科和鴨科；防風林、農墾地的鶇科、雀科及鶯科等；南、北海無人島的鷗科等。