澎湖群島的地質，為更新世火山作用使然，其組成除花嶼為安山岩質的火成岩外，多為玄武岩質的火成岩，其中夾雜沉積岩而成，是第三紀末期以後產生的岩層。從構造來看，澎湖地層可分為四群，依年代新至老分別為海濱堆積層、湖西層群、小門嶼群以及漁翁島群，而花嶼矽質岩層的花嶼群，其年代更老，屬於古生代至中生代的岩體，目前澎湖居民所在的地層，多為漁翁島層。 玄武岩的特性在此顯出柱狀的節理，很整齊地排列，形成相當奇特的地形景觀。另外，玄武岩形成時可呈緻密狀或多孔狀，多孔狀是岩漿結晶是所含揮發氣體分子逸出後所留下來的氣孔，這些氣孔被多色含碳酸根離子的礦物沉澱填充，以霰石佔大部分，為澎湖獨特的寶石，即著名的文石，全球僅義大利有類似的石種。